As azeitonas colhidas devem ser transportadas ao local de esmagamento, em Portugal são chamados de Lagar, um dos pontos mais importantes em todo o processo de esmagamento é a criteriosa observação da integridade da pele das azeitonas, peles rompidas podem provocar o início antecipado do processo de fermentação, prejudicando a qualidade do óleo.
Todo o processo de esmagamento deve ser no máximo em 24 horas após a colheita, óleos de melhor qualidade são aqueles que o processo é mais rápido, em alguns óleos especiais, o esmagamento inicia em 12 horas após a colheita.
O processo de esmagamento mescla os caroços com a polpa, formando uma massa oleosa. Essa massa deve ser homogeneizada para tornar o produto final uniforme. Os processos podem utilizar técnicas de centrifugação ou pressão, nunca ultrapassando a temperatura de 35 graus Celcius.
Os segredos do azeite pedem a conservação e estoque por tempo limitado, no máximo 18 meses.
A exposição à luz ou temperaturas elevadas pode prejudicar a qualidade dos óleos.